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技術服務

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基因型鑑定服務

      服務說明:

             
            1. 提供相關實驗內容諮詢、Primer設計、客製化實驗規劃等等,主要使用儀器為Illumina BeadXpress Reader,分析方式為GoldenGate。

                     2. 使用者可選擇提供Sequence, RS Number, Region, Gene 等資訊,接著由 Illumina ADT(Assay Design Tool)軟體設計實驗套組,並分析每個SNP位點之成功率,使用者可從中挑選出相容性最好的組合進行實驗。
                 
       
                   3. 可彈性選擇欲分析之SNP數量,48 plex, 96 plex, 144 plex, 192 plex以及384 plex,
最高可同時於一個反應內偵測 384-plex 位點。

                   4. 最高產量一個星期可完成480 sample x 384 plex。

                   5. 採用標準化之實驗及分析流程。GoldenGate在主要步驟均有control的設計,方便實驗結束後追蹤整體實驗狀況。

                   6. 客製化實驗規劃,GoldenGate所使用之OPA試劑和Bead Plate為每次實驗所個別設計訂製。

                   7. 核心實驗室環境區分出Pre-PCR room 以及Post-PCR room,避免PCR contamination產生而影響其他的實驗結果。

                   8. 實驗室將使用GenomeStudio 軟體分析實驗結果並提供分析報告給使用者。


                
9. 實驗說明:

                   a. GoldenGate利用PCR反應為基礎,特色是搭配 VeraCode數位編碼技術,與DNA雜合之玻璃珠(帶有獨立編碼)經過雷射光激發後,顯現出特殊的條碼成像,藉此可快速且有效地區分不同的基因型。

                    b. VeraCode技術需搭配本實驗室之雙色螢光偵測系統BeadXpress。

                    c. 使用genomic DNA為樣本(濃度:50 ng/uL),每次反應需 250 ng。

                    d. GoldenGate 基因型鑑定服務,依據plex數量不同主要有五種形式︰

                       48-plex, 96-plex, 144-plex, 192-plex and 384-plex,multiplex 同時在一個反應中進行,最少接受480 samples,每次96 samples,共可進行5次實驗。

                  e. 若是人類樣品,使用者可選擇提供Sequence, RS Number, Region or Gene等資訊,交由核心實驗室設計;樣品若為其他物種,請提供SNP位點及其前後至少60 bp 序列資料。同一Assay之中,50 bp以內盡量不要有其他SNP位點。


      

      聯絡資訊


蔡孟勳 副教授

02-3366-6009  motiont@ntu.edu.tw



 

 







  

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