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技術服務

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基因型鑑定服務

      服務說明:

             
            1. 提供相關實驗內容諮詢、Primer設計、客製化實驗規劃等等,主要使

                         用儀器為Illumina BeadXpress Reader,分析方式為GoldenGate。

                     2. 使用者可選擇提供Sequence, RS Number, Region, Gene 等資訊,接

                         著由 Illumina ADT(Assay Design Tool)軟體設計實驗套組,並分析

                         每個SNP位點之成功率,使用者可從中挑選出相容性最好的組合進行實

                         驗。
                 
       
                   3. 可彈性選擇欲分析之SNP數量,48 plex, 96 plex, 144 plex, 192 plex以

                       及384 plex,
最高可同時於一個反應內偵測 384-plex 位點。

                   4. 最高產量一個星期可完成480 sample x 384 plex。

                   5. 採用標準化之實驗及分析流程。GoldenGate在主要步驟均有control的

                       設計,方便實驗結束後追蹤整體實驗狀況。

                   6. 客製化實驗規劃,GoldenGate所使用之OPA試劑和Bead Plate為每次實

                       驗所個別設計訂製。

                   7. 核心實驗室環境區分出Pre-PCR room 以及Post-PCR room,避免PCR

                       contamination產生而影響其他的實驗結果。

                   8. 實驗室將使用GenomeStudio 軟體分析實驗結果並提供分析報告給使

                       用者。


                
9. 實驗說明:

                   a. GoldenGate利用PCR反應為基礎,特色是搭配 VeraCode數位編碼技

                       術,與DNA雜合之玻璃珠(帶有獨立編碼)經過雷射光激發後,顯現

                      出特殊的條碼成像,藉此可快速且有效地區分不同的基因型。

                    b. VeraCode技術需搭配本實驗室之雙色螢光偵測系統BeadXpress。

                    c. 使用genomic DNA為樣本(濃度:50 ng/uL),每次反應需 250 ng。

                    d. GoldenGate 基因型鑑定服務,依據plex數量不同主要有五種形式︰

                       48-plex, 96-plex, 144-plex, 192-plex and 384-plex,multiplex 同時

                     在一個反應中進行,最少接受480 samples,每次96 samples,共可進

                     行5次實驗。

                  e. 若是人類樣品,使用者可選擇提供Sequence, RS Number, Region or

                     Gene等資訊,交由核心實驗室設計;樣品若為其他物種,請提供SNP

                    位點及其前後至少60 bp 序列資料。同一Assay之中,50 bp以內盡量

                   不要有其他SNP位點。


      

      聯絡資訊


蔡孟勳 副教授

02-3366-6009  motiont@ntu.edu.tw



 

 







  

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