• 次世代高通量定序

    本核心簡介

    為協助台大院區學術研究發展，本中心與基龍米克斯簽訂「前瞻技術產學合作教育平台備忘錄」，即日起定序樣品將與基龍米克斯合作處理，基米擁有最完整的定序平台設備齊全，具備二代與三代高通量定序平台，提供研究者最全面且優惠的服務，16S Full Length定序與醫學院微生物體核心實驗室合作使用最新PacBio Vega桌上型定序儀。

    送件流程



    服務項目及價格


    1.核酸品管檢測

    項目

    價格(元)

    自動化核酸毛細管電泳分析(Qsep100)

    DNA

    150/樣本

    RNA

    250/樣本

    核酸螢光定量 (Qubit4.0)

    DNA

    120/樣本

    RNA

    120/樣本

    2.Next Generation Sequencing 相關服務

    品項

    數據量

    Platform

    規格

    交期

    台大售價

    RNA-seq (PolyA capture)

    20M raw reads(6G)

    Novaseq x- Plus

    150PE

    4週

    洽技師

    30M raw reads(9G)

    洽技師

    40M raw reads(12G)

    洽技師

    50M raw reads(15G)

    洽技師

    RNA-seq (Ribo zero)

    20M raw reads(6G)

    洽技師

    30M raw reads(9G)

    洽技師

    40M raw reads(12G)

    洽技師

    50M raw reads(15G)

    洽技師

    Whole genome sequencing (WGS)

    專案討論

    洽技師

    Whole genome shotgun sequencing

    (全基因組霰彈槍定序)

    8-10G raw reads

    18000

    Whole exome sequencing(WES)

    Twist

    (100x)5G raw data

    洽技師

    (200x)10G raw data

    洽技師

    (300x)15G raw data

    洽技師

    (400x)20G raw data

    洽技師

    Whole exome sequencing(WES)

    KAPA

    8G raw data

    Novaseq x- Plus

    150PE

    4週

    洽技師

    Small RNA sequencing

    20M raw reads

    Novaseq x-plus

    75PE

    4週

    10000

    30M raw reads

    11000

    Novaseq x-plus seq-only

    1 Gb

    Novaseq x-plus

    150PE

    3週

    300

    10B 1lane 350 Gb

    50000

    25B 1lane 1 Tb

    100000


    3. Long-Read Sequencing    服務

    品項

    數據量

    Platform

    交期

    台大售價

    16S Full Length(V1-V9)

    20,000 HiFi reads

    Pacbio Vega

    6週

    2500/sample


    * 交期為樣品QC完上機的時程

    * Illumina MiSeq i100 定序平台相關服務請洽TechComm NGS Core，服務項目及費用請見連結說明。

    *詳細報價洽副技師 seq305@gmail.com 量大另有優惠價

    樣品送件標準

    1.Illumina Platform -DNA 建庫允收標準



    2.PacBio Platform - DNA 建庫允收標準



    3. Illumina Platform -RNA建庫允收標準


    * RNA送件需先進行RNA QC，如果RNA QC後的RIN (RNA integrity number)值 pass才會進行檢體製備。

    * RNA QC未達要求仍要進行檢體製備，需簽署續作同意書。

    根據不同定序平台與實驗項目，將有不同允收標準，收樣判定標準僅符合實驗項目建庫或上機之需求，不保證生資分析結果。判定為風險建庫(Hold)之樣品，客戶需自行承擔其風險，並不保證下機數據量與生資分析結果，若建庫失敗需酌收建庫費用。






    定序說明及相關資訊

    1. 送件時間為週一至週五9:00-16:00。(送件前需與副技師私訊約定時間)

    2. 請詳閱服務申請書中樣品送測注意事項後簽名，依要求準備送測樣品並詳填送測樣品資料表。

    3. 樣品進行定序與否，以本實驗室 QC 標準及 Qubit 定量為依據。若樣品未達標準仍決定進行，請主持人簽名確認，並負擔該次可能不成功之實驗費用。

    4. DNA, RNAseq檢體單已包含Qsep, Qubit費用，如樣品QC( Qubit or Qsep)沒過，會收取QC費用。

    5. 核酸總量與濃度視定序服務內容決定，因NGS定序應用種類多，為求實驗流程順利，樣品會依定序種類、sample QC及library備製狀況安排實驗時程。

    6. 完成實驗後的剩餘樣品，使用者需於兩週內自行領回，本設施不負保管之責。

    大數據分析服務

    1. 高通量轉錄體分析 (ContigViews) 林詩舜老師，服務項目及費用請見連結說明。

    2.次世代定序資料亦可申請系統生物學中心生物資訊核心實驗室分析服務，服務項目及費用請見連結說明。

    3.基龍米克斯公司 高通量資料與生物資訊分析


     

    建議物種

    標準分析

    價格(元)

    RNA-seq(DGE)

    Differential Gene Expression(適用物種:模式物種)

     

    1.原始數據品管(Quality Filtering)

    2.基因表現量分析

    3.基因差異表現

    4.基因功能的差異表現

     GO富集分析

     KEGG富集分析

     DO富集分析(僅適用於人類)

    700/sample

    RNA-seq(transcriptome)

     

    Transcript de novo Assembly(無相關

    reference) Genome-guide/reference-guide Transcript Assembly(需有chromosome等級以上reference genome及基因註解尤佳)

    1.原始數據品管(Quality Filtering)

    2.Transcript Assembly(de novo or Genomeguide)

    3.基因表現量分析

    4.基因差異表現

    5.基因功能的差異表現

     GO富集分析

     KEGG富集分析

    1,200/sample

    16S v3v4

     

    1.原始數據品管(Quality Filtering)

    2.ASV(Amplicon Sequence Variant)與豐度分析

    3.菌種鑑定與註釋

    4.菌種豐富度分析

     α多樣性分析:單㇐樣本內的物種豐富度與物種均勻度

     β多樣性分析:不同樣本間的多樣性

    5.組間差異進階統計分析

     PCA、PCoA、NMDS、UPGMA、LEfSE、ANOSIM、MRPP、DCA、CCA、RDA、function

    400/sample

    16S Full length

    Small RNA-seq

    物種必須有登錄或收錄於miRbase中

     

    1.原始數據品管(Quality Filtering)

    2.miRNA表現量偵測(miRNA Expression)

    3.miRNA表現差異(miRNA Differential Expression)

    4.標靶基因預測(Target Prediction)

    5.基因功能的差異表現

     GO富集分析

     KEGG富集分析

    1,000/sample

    檔案索取

    檢體送件單請email索取，填寫列印紙本一份，主持人核章後送檢體時一併附上。

    1.單純只測定Qsep, Qubit請依檔名索取檢體單

    2.DNA, RNAseq檢體單已包含Qsep, Qubit無需另外填寫

    附件：    核酸螢光定量儀 Qubit 檢體單.docx

    附件：    核酸大小片段分析Qsep檢體單及送件說明2025.docx

    附件：    檢體單 - DNAseq.docx

    附件：    檢體單 - RNAseq.docx
    附件：    檢體單 - Single Cell.docx

    聯絡資訊

    qrcode  

    seq305@gmail.com    02-33665089  黃怡靜副技師

    FB:台大生技中心定序核心實驗室

    (常在學校各地做實驗，請多利用私訊聯繫)

    台北市大安區長興街81號 305室

  • *如對本中心提供之核酸定序服務有任何問題或建議，歡迎來信告知。
    • *懇請您將有使用我們的服務所發表的期刊與我們分享，請於發表文章時惠予致謝台大生技中心核酸定序核心，以便於收集統計。為持續提供優質之研究服務，便於日後聘用專職技術人員，做為服務成效評鑑之用等等。致謝文字參考如下:

    We would like to acknowledge the service provided by the DNA Sequencing Core of Center for Biotechnology, National Taiwan University.

    若您的論文已發表，請您將PDF 檔e-mail 給本核心實驗室(seq305@gmail.com)，非常感激。