次世代高通量定序
本核心簡介
為協助台大院區學術研究發展，本中心與基龍米克斯簽訂「前瞻技術產學合作教育平台備忘錄」，即日起定序樣品將與基龍米克斯合作處理，基米擁有最完整的定序平台設備齊全，具備二代與三代高通量定序平台，Illumina ( NovaSeq 6000, NovaSeq x-plus , MiSeq)，PacBio (Sequel II) 提供研究者最全面且優惠的服務。
送件流程
為協助台大院區學術研究發展，本中心與基龍米克斯簽訂「前瞻技術產學合作教育平台備忘錄」，即日起定序樣品將與基龍米克斯合作處理，基米擁有最完整的定序平台設備齊全，具備二代與三代高通量定序平台，Illumina ( NovaSeq 6000, NovaSeq x-plus , MiSeq)，PacBio (Sequel II) 提供研究者最全面且優惠的服務。
服務項目及價格
1.核酸分離萃取
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項目 |
價格 (元) |
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DNA萃取 QIAgen kit |
糞便核酸萃取(Qiagen PowerFecalpro DNA kit) |
1000 /樣本 |
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16s PCR (含毛細管電泳分析) |
300 /樣本 |
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16s v3v4 sequencing(含stool抽檢、16s PCR、建庫、QC ) 優惠價 |
2500/樣本 |
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2.核酸品管檢測
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項目 |
價格(元) |
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自動化核酸毛細管電泳分析(Qsep100) |
DNA |
150/樣本 |
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RNA |
280/樣本 |
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核酸螢光定量 (Qubit4.0) |
DNA |
120/樣本 |
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RNA |
120/樣本 |
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3.Next Generation Sequencing 相關服務
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品項 |
數據量 |
Platfom |
規格 |
交期 |
校內售價 |
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RNA-seq (PolyA capture) |
20M raw reads |
Novase 6000 |
150PE |
4週 |
6000 |
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30M raw reads |
7500 |
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40M raw reads |
9000 |
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50M raw reads |
11000 |
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RNA-seq (Ribo zero) |
20M raw reads |
13000 |
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30M raw reads |
14500 |
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40M raw reads |
16000 |
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50M raw reads |
17500 |
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Whole genome sequencing (WGS) |
90G |
38500 |
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Whole exome sequencing(WES) Agilent V7 |
(100x)5G raw data |
8500 |
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(200x)10G raw data |
11000 |
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(300x)15G raw data |
13400 |
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(400x)20G raw data |
15500 |
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16S v3v4 sequencing |
50,000 clean reads |
Miseq |
300PE |
4週 |
2200 |
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100,000 clean reads |
3000 |
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16 full length seq |
20,000 CCS reads |
Sequel II |
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6週 |
3500 |
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Small RNA sequencing |
20M raw reads |
Novase 6000 |
75PE |
4週 |
10000 |
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30M raw reads |
11000 |
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Novaseq 6000 S4 seq-only |
1 Gb |
Novase 6000 |
150PE |
2-3週 |
500 |
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1 lane(~750Gb) |
200000 |
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Novaseq x-plus seq-only |
1 lane(~350Gb) |
Novaseq x-plus |
150PE |
2-3週 |
62000 |
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Miseq seq-only |
Full run(7~10Gb) |
Miseq |
300PE |
2-3週 |
70000 |
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Miseq seq-only |
1Gb |
Miseq |
300PE |
2-3週 |
15000 |
* 交期為樣品QC完上機的時程
4.單細胞定序10x Genomics服務服務
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品項 |
數據量 |
Platfom |
規格 |
交期 |
校內售價 |
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10X Singel cell 3'RNA 建庫&定序 |
7500-10000顆細胞 深度: > 20,000 reads/cell |
Novase 6000 |
150PE |
4週 |
160000 |
服務說明
1.目前本核心實驗室提供的16S metagenomics定序服務，採用的是 Illumina官方網站上提供 的2 steps PCR workflow。第一次的primer包含部分的adapter及16S rRNA 基因 primer (V3~V4 regions)，第二次的primer則包括完整的adapter及index序列。 為提高本核心16S v3v4定序的read 2 品質，原廠建議改變v3v4 primer序列，改採用offset primer策略。
2.這種workflow的好處是，第一階段的PCR使用universal primer，可使用在所有的檢體上， primer也不會太長而影響PCR效率。若想要更換除了V3~V4以外的region，也只需重訂這對 primer即可。Index為dual index的設計，目前總共有384種組合，方便pooling檢體。
樣品送件標準
1.Illumina Platform -DNA 建庫允收標準
PacBio Platform - DNA 建庫允收標準
* DNA檢體未達送件要求仍要進行檢體製備，需簽署續作同意書。
2. Illumina Platform -RNA建庫允收標準
* RNA送件需先進行RNA QC，如果RNA QC後的RIN (RNA integrity number)值 pass才會進行檢體製備。
* RNA QC未達要求仍要進行檢體製備，需簽署續作同意書。
3. 10X Chromium™服務 Cell 允收標準
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實驗項目 |
樣品類型 |
總量 |
濃度 |
備註 |
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Single Cell Gene Expression Multiplexing with 3' CellPlex |
Cell Suspension |
10^5 cells per sample |
1300-1600 cells/μl |
✓ Viable cells >90% (remove dead cells if needed) ✓ No ambient RNA and debrisor cell aggregates (filter cell suspensions if needed) ✓ Single cell suspension should be re-suspended in 1X PBS with 0.04% BSA |
https://www.10xgenomics.com/support/single-cell-gene-expression/documentation/steps/sample-prep
Cell判定標準:
此業務與基米合作，請聯絡黃怡靜副技師，將安排基米公司實驗人員至貴單位進行細胞計數與實驗處理。電話： 33665089
取樣時須注意：
＊收細胞時勿用PBS wash及 Trypsin處理，請直接使用Trizol
＊細胞樣本要避免含有細菌DNA(被細菌黴漿菌污染)
＊為避免genomic DNA殘留，請以DNase處理檢體
根據不同定序平台與實驗項目，將有不同允收標準，收樣判定標準僅符合實驗項目建庫或上機之需求，不保證生資分析結果。判定為風險建庫(Hold)之樣品，客戶需自行承擔其風險，並不保證下機數據量與生資分析結果，若建庫失敗需酌收建庫費用。
定序說明及相關資訊
1. 送件時間為週一至週五9:00-16:00。(送件前需與副技師私訊約定時間)
2. 請詳閱服務申請書中樣品送測注意事項後簽名，依要求準備送測樣品並詳填送測樣品資料表。
3. 樣品進行定序與否，以本實驗室 QC 標準及 Qubit 定量為依據。若樣品未達標準仍決定進行，請主持人簽名確認，並負擔該次可能不成功之實驗費用。
4. DNA, RNAseq檢體單已包含Qsep, Qubit費用，如樣品QC( Qubit or Qsep)沒過，會收取QC費用。
5. 核酸總量與濃度視定序服務內容決定，因NGS定序應用種類多，為求實驗流程順利，樣品會依定序種類、sample QC及library備製狀況安排實驗時程。
6. 完成實驗後的剩餘樣品，使用者需於兩週內自行領回，本設施不負保管之責。
大數據分析服務
1. 高通量轉錄體分析 (ContigViews) 林詩舜老師 02-33666023，服務項目及費用請見連結說明。
2.次世代定序資料亦可申請系統生物學中心生物資訊核心實驗室分析服務，服務項目及費用請見連結說明。
3.基龍米克斯公司 高通量資料與生物資訊分析
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建議物種 |
標準分析 |
價格(元) |
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RNA-seq(DGE) |
Differential Gene Expression(適用物種:模式物種)
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1.原始數據品管(Quality Filtering) 2.基因表現量分析 3.基因差異表現 4.基因功能的差異表現 GO富集分析 KEGG富集分析 DO富集分析(僅適用於人類) |
700/sample |
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RNA-seq(transcriptome)
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Transcript de novo Assembly(無相關 reference) Genome-guide/reference-guide Transcript Assembly(需有chromosome等級以上reference genome及基因註解尤佳) |
1.原始數據品管(Quality Filtering) 2.Transcript Assembly(de novo or Genomeguide) 3.基因表現量分析 4.基因差異表現 5.基因功能的差異表現 GO富集分析 KEGG富集分析 |
1,200/sample |
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16S v3v4 |
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1.原始數據品管(Quality Filtering) 2.ASV(Amplicon Sequence Variant)與豐度分析 3.菌種鑑定與註釋 4.菌種豐富度分析 α多樣性分析:單㇐樣本內的物種豐富度與物種均勻度 β多樣性分析:不同樣本間的多樣性 5.組間差異進階統計分析 PCA、PCoA、NMDS、UPGMA、LEfSE、ANOSIM、MRPP、DCA、CCA、RDA、function |
400/sample |
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16S Full length |
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Small RNA-seq |
物種必須有登錄或收錄於miRbase中
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1.原始數據品管(Quality Filtering) 2.miRNA表現量偵測(miRNA Expression) 3.miRNA表現差異(miRNA Differential Expression) 4.標靶基因預測(Target Prediction) 5.基因功能的差異表現 GO富集分析 KEGG富集分析 |
1,000/sample |
檔案下載
請下載檢體送件單(下方附件)，填寫列印紙本一份，主持人核章後送檢體時一併附上。
1.核酸萃取及16S PCR服務
2.單純只測定Qsep, Qubit請依檔名下載檢體單
3.DNA, RNAseq檢體單已包含Qsep, Qubit無需另外填寫
附件： 核酸大小片段分析Qsep檢體單及送件說明2023.docx
聯絡資訊
seq305@gmail.com 02-33665089 黃怡靜副技師
FB:台大生技中心定序核心實驗室
(常在學校各地做實驗，請多利用私訊聯繫)
台北市大安區長興街81號 305室
- 如對本中心提供之核酸定序服務有任何問題或建議，歡迎來信告知。
- 懇請您將有使用我們的服務所發表的期刊與我們分享，請於發表文章時惠予致謝台大生技中心核酸定序核心，以便於收集統計。為持續提供優質之研究服務，便於日後聘用專職技術人員，做為服務成效評鑑之用等等。致謝文字參考如下:
We would like to acknowledge the service provided by the DNA Sequencing Core of Center for Biotechnology, National Taiwan University.
若您的論文已發表，請您將PDF 檔e-mail 給本核心實驗室(seq305@gmail.com)，無限感激。